大陆将启用的“新航路”在台湾成为纠缠不休的问题。据《中国时报》27日报道，大陆方面预定3月5日启用M503等4条新航路，现距离开通不到一周，但与台方仍未达成共识。26日，台湾“交通部”政务次长曾大仁称，如果大陆飞机在未知会的情况下进入台方区域，台方将发出警告，甚至派军机驱赶。此话一出，即在岛内引发热议。“军机对民航，拿国安当儿戏”，台湾《自由时报》27日批评称，台湾官员的话看似态度强硬，但显然不符合国际常规，台湾“有理也变无理”。还有批评指出，派遣军机并非“交通部”业务，根本不应由“交通部”官员发言。

曾大仁26日表示，大陆依照国际民航规定划设新航路，这没有违反规定，但公告前没有事先知会台湾，过程不符合惯例，台湾无法接受，已提出抗议。根据民航局资料，大陆的M503新航路位于上海飞行情报区，属于国际航线，各国航班都有机会使用，但与台湾的“台北飞行情报区”边界最接近处仅有4.2海里。他称，“北京不听我们指挥”，若大陆飞机在未知会情况进入“台北飞行情报区”，台方可以警告，甚至派军机驱赶。

《自由时报》27日称，“交通部”高官说出派军机驱离民机的不当谈话，自居麻烦制造者，不啻把安全问题当成儿戏。文章称，从军事角度看，如果大陆民航机一接近甚至跨过“海峡中线”、台湾军机就要升空警戒甚至驱赶的话，以目前台海空域的航班密度来看，那台湾空军恐怕得放下日常防务，随时待命升空“出击”。以此，台湾军机的备用油料很快就会用完。这在军事上根本就是笑话，“交通部”官员应是未经大脑就口出这等大话。台湾前“国安会”咨询委员陈文政批评说，“交通部”对新航路问题处理不好，“该硬的时候不硬”，现在硬起来，大陆更不可能退让，而且派遣军机并非“交通部”业务，根本不应由其发言。《联合报》27日也称，“交通部”政务次长谈出动军机“有些怪怪的”，台湾高层也不会授权“交通部”去谈“国防部”的事。国安人士表示，大陆民航客机沿海峡飞行，1996导弹危机以后即有，已属常态，应以平常心看待。这次各界关注的是4条新航路会否太过接近“海峡中线”、是否危及安全问题，“是两码事”。

M503航线主要用于缓解上海地区及珠三角地区航班增长压力，满足亚太航空发展需要。今年1月和2月，国台办发言人马晓光两次就这一问题表示，M503航线设在上海飞行情报区内，而不是设在台北飞行区内，已经得到了国际民航组织的核准。这个航线距台北飞行情报区有足够的安全距离，也不会影响到该区域的使用现状。