面对外界的批评，台“国防部”仍不断冒出争议言论。据“中广新闻网”报道，“国防部长”冯世宽2日南下慰问遇难者家属，但在对话过程中脱口说出“所以大家要感谢上帝，我们损失到最小。” 家属则说：“损失最少就是损失我老公这样！？”

更荒谬的是，台军竟然有人趁机宣称雄风—3导弹的威力。据台湾亲绿的《自由时报》网站3日报道，有台方海军官员表示，大家以前谈到雄风—3导弹，以为只能锁定打击中、大型水面舰，但通过这次事件可以得知，它连小型渔船都可以贯穿，应该会让解放军对它的威力感到害怕。

台湾《民报》3日也称，虽然不幸损失一条人命，但也意外让这枚号称“航母杀手”的导弹获得实战经验，验证其性能十分优异，值得政府以此事为宣传。其优异的理由如下：第一，操作简单。在一艘500吨级的巡逻舰上，一名4年资历的士官，可以在没有他人帮助之下，于10分钟内独立完成发射程序，证实这枚导弹操作简单，比打游戏还要轻松写意。第二，精准无比。能在76公里外精准捕捉到小渔船，其误差范围几乎以厘米来计算。

对此，台湾有“立委”批评说，就算海军官员所言属实，“但看到这种军纪，是台湾人民害怕，解放军却可能会因此大笑吧”。该“立委”称，台海军官员的这种说法，只让人感到海军官员的无同理心与冷血。

台军已开始搜寻失踪的雄风—3导弹。台湾《联合晚报》3日报道称，台海军司令部表示，虽然目前已经派出猎雷舰在周边海域搜寻，但由于实际的落点还要分析，加上海流的影响，弹体恐怕也不完整，目前没有把握这枚误射的导弹现在在哪。即使是打捞工作，台军也不忘警惕解放军。有澎湖海军退役将领表示，依照公告导弹落弹区海深及地形分析，解放军的潜艇无法进入，应该没有被解放军捞走的可能。

台湾舆论普遍担心“误击会导致两岸发生冲突”，但台军挑起的“误击”事件却不少。据台湾“中华电视公司”报道，国民党政策会执行长蔡正元3日下午列举近些年两岸间的7起误击事件，“都是台湾挑起的”。

一名在北京的学者3日告诉《环球时报》记者，台湾经常指责大陆把导弹对着台湾岛，但在此次事件中，误射的导弹为什么不是朝着太平洋的方向射，而是朝着厦门方向？台湾自身一直标榜两岸和平稳定，说要维持现状的基础上推进两岸和平稳定，还说大陆也要负起责任，从最近这一系列事情看，到底是谁没有负起责任，到底谁没有担起两岸和平的大任，答案是非常清楚的。