台湾地区调查团与菲律宾展开联合调查受阻后，18日召开记者会批评菲律宾作法傲慢、延迟反复、毫无诚信后全体即刻返台。

　　19日，菲律宾总统府副发言人华尔蒂在接受官方的DZRB电台采访时表示，菲律宾政府会按照既定流程调查，不会事先妄下结论，会依照证据调查再进行说明。

　　华尔蒂同时强调，菲律宾国家调查局正在就台湾渔民事件展开调查。她也表示，菲律宾总统阿基诺三世个人目前不会针对这起事件回应马英九。

　　菲律宾海岸警队总部对外事务总管证实，枪击事件的调查工作已由菲律宾国家调查局等政府部门全权负责，结论将由这些部门做出，海岸警卫队只负责提供相关事实情况，涉事的11名队员已经被限制行动自由并接受讯问。