针对旧金山中华总会馆要撤下长期悬挂的中华民国国旗一事，纽约侨社也引起议论。纽约中华公所27日表态，与旧金山中华总会馆无附属关系，不会撤去中华民国国旗。亲台湾的侨团普遍认为，中华民国国旗代表国父孙中山建立民主自由国家的历史，「传统还是需要传承」；亲大陆侨团则认为此举对完成中国统一有积极作用。

纽约中华公所主席吴国基表示，该公所自1883年创立来，崇尚美国自由、民主之立国精神，支持国父孙中山推翻专制满清皇朝，建立以三民主义为基础的中华民国。纽约中华公所由纽约侨社组成，与旧金山中华总会馆无附属关系，该会馆态度并不能影响纽约中华公所一贯支持中华民国的立场，并且中华民国国旗代表民主、自由、人权和法治的普世价值，与美国立国精神一致，有利侨胞在美安身立命，所以公所绝无意撤去中华民国国旗，并坚持中华民国国旗永远飘扬在海内外。

驻纽约台北经济文化办事处副处长范国枢感谢纽约中华公所一直坚定不移地支持中华民国，并希望旧金山中华总会馆遵照章程妥善办理，对于重大议案需要一定比例的票数才可通过。纽约华侨文教服务中心主任张景南表示该旗代表了自由民主人权的制度，与美国制度相符，呼吁所有传统侨社支持此制度与理念。

国民党中央评议委员张学海表示，青天白日满地红旗代表了国父革命的一段历史，而这段历史是众多在美侨胞共同努力而成，悬挂此旗并不是代表支持何种政府，而是更多对历史的铭记。他指旧金山中华总会馆若撤旗实属不妥，「传统还是需要传承」，撤旗之举需三思。

中华民国侨务委员童惠珍、纽约台湾同乡联谊会顾问会召集人王涵万和纽约新党之友会负责人李春溪均认为，此事给中华民国的侨务工作敲响警钟，今后要加强和传统侨社的沟通，将侨务工作做得更加细致。

王涵万担心这会成为一种趋势，蔓延到其他地方。他认为中华民国在各方面实力都无法和大陆比拼，只有普世自由民主的价值观是最珍贵的，侨务单位除了要加强侨胞的向心力外，也要努力开拓国民外交，展现中华民国的价值所在。

美东华人社团联合总会名誉主席杨功德认为，旧金山中华总会馆撤旗之举对完成中国统一有积极作用，并且国共两党现也正进行着积极的合作，希望华人面观大局，「尤其是在钓鱼岛问题当头，世界华人需要统一团结、一致对外」。杨功德最后呼吁，两岸统一是迟早会完成的事情，现在如果在挂何种国旗上出现分歧而有损两岸感情，不值得也不是恰当的时机。

美国福建同乡会常务副主席郑思祺表示，将青天白日旗撤下是好事，因为祖国需要统一，这样才能对全球华人地位提高有积极作用。只有全世界华人团结起来，才会越来越有力量。

法拉盛街头守望互助队队长朱立创认为，这是一种时代的趋势，「毕竟现在世界上代表中国的是中华人民共和国，更别说这20、30年来中国的飞速发展，传统侨社也只是跟着时代的大方向走而已」。他也指出台湾自从李登辉、陈水扁上任总统之后，一直到现在的马英九，和传统侨社的关系是越来越疏远，也是这一事情发生的重要原因。

北京同乡会会长胡洁表示，这是传统侨社内部的意见分歧，作为外人并不方便发表意见。但她认为大家无论是来自中国人民共和国还是中华民国，都一个民族，都是兄弟姊妹，台湾对大陆很重要，大陆对台湾也很重要，大家互相不可分离，最后无论以什么样的格局，还是会统一在一个国家。