1928年台北帝国大学成立，其中属于文政学部的土俗人种学教室开始设立，在配合殖民政策的背景下，负责人类学和考古学研究的重要责任。此一时期的调查活动更具规模，方法也更加系统化。考古学家在台湾各地发现许多重要史前遗址，并且展开考古调查和发掘，可说是奠定了台湾考古学的基础。而他们所关心的主要问题，便是有关于台湾史前人类和文化所属的系统以及他们的来源。                 　　

二次世界大战结束之后，台北帝国大学改为台湾大学，「土俗人种研究室」则改为「考古人类学系」，配合中央研究院历史语言研究所等机构，继承日据时代的基础，继续从事考古研究。从民国53年到69年，陆陆续续地发现了大坌坑遗址、八仙洞遗址。八仙洞遗址的发现确立了长滨文化单独性。民国60年代张光直教授所领导的「台湾省浊水溪与大肚溪流域自然史与文化史料科技研究计画」，简称「浊大计划」，一方面提供许多重要的新资料；另一方面则是首次着重考古遗址与生态环境间相互关系的研究。而民国70年代最重要的过于卑南遗址的发现。根据遗址中丰富的出土文物，以人类过去文化、行为的解释为主要取向，解释当时可能的社会状况。同时设立许多文物馆、博物馆，宣扬古迹保护理念。

遗址就是过去人类生活所留下的旧址。人类为了求生存，进而发展出来与自然界互动的模式，构成人类的文化。换言之，文化就是人类为了适应环境而产生的行为模式的总和。在人类漫长的演化过程中，或多或少都会在环境中留下人类活动的痕迹，这些遗留物出现的地方通常称为遗址。遗址通常都沉埋于泥土之中或水面之下，层层堆积着不同时间的人类所留下来的遗迹，包括生活所需的石器、陶器、骨角器等人工遗物与食物残渣、植物种子等生态遗物，以及房屋基址、墓葬等遗迹。考古学家对遗址进行研究，解读其中的蛛丝马迹，拼凑出史前人类生活的概况，进而了解人类文化发展的过程与动力。